Generellt om øvingene og bruk av R.

Konfigurasjon av R

For å utnytte arbeidsflaten i Windows bedre foretrekker jeg å endre på følgende innstilling i brukergrensesnittet. Velg "Edit/GUI preferences…" fra menyen, og velg "SDI" under øverste punkt "Single or multiple windows", trykk "Save" to ganger, "ok" to ganger. Start så R på nytt.

Arbeidsflyt

Når du jobber med øvingene er det ofte hensiktsmessig å først eksperimentere interaktivt i R sitt kommando-vindu. Hensikten med dette er å oppnå forståelse av virkemåten til de funksjoner du trenger å bruke. Du kan bla deg fram og tilbake i kommando-historien ved hjelp av piltastene. Tab-tasten auto-kompletterer navn på objektet du er i ferd med å skrive navnet på.

Etterhvert som du finner ut hvordan du gjør ting legger du så de kommandoene som løser oppgaven inn i et såkalt skript (i et eget vindu som åpnes ved å velge "File/New script" fra menyen). Du kan så utføre enkeltlinjer i skriptet (Ctrl-R), flere linjer (marker først med shift+piltaster, så Ctrl-R) eller skriptet i sin helhet ("Edit/Run all" fra menyen). Dette gjør det enkelt å regenerere f.eks. en komplisert figur eller en komplisert beregning/analyse dersom du oppdager at en liten detalj bør utføres på en litt annen måte.

Innholdet i dette skript-vinduet bør lagres i en fil slik at du kan jobbe videre med en gitt oppgave på et senere tidspunkt om du ikke blir ferdig. Legg inn forklarende kommantarer etter kommentartegnet "#" slik at du senere selv kan forstå hva du har gjort.

Det er også hensiktsmessig å organisere filene som tilhører ulike prosjekt (slike R-skript, rapporter, figurer etc..) i ulike kataloger, f.eks. kan alle filer tilknyttet øving 1 legges i katalogen "m:/st2304/øvinger/øving-1".

For å lagre innholdet av R sitt workspace til denne katalogen før du avslutter R, må du sette "working directory" til denne katalogen v.h.a. kommandoen "setwd(m:/st2304/øvinger/øving-1")" før du avslutter R eller før du lagrer workspacet (v.h.a. save.image()).

Du kan så laste inne dette workspacet senere ved å bla deg fram til denne katalogen i filbehandleren i windows og så dobbeltklikke på "R Workspace", alternativt ved å starte R på vanlig måte, så "setwd(m:/st2304/øvinger/øving-1")" og så "load.image(".Rdata")". Lagring og innlasting av R sitt workspace er også tilgjengelige via menyen i R.

Besvarelsen

Besvarelsen på hver oppgave i øvingen bør bestå av et i sin helhet kjørbart skript (som et tillegg sist i besvarelsen), samt selve besvarelsen skrevet i f.eks. OpenOffice, MS-Word, LaTeX e.l. inkludert figurer og eventuell interessant output fra R-vinduet.

R sitt hjelpesystem

Søk hjelp enten ?funksjonsnavn eller ved å starte hjelp i nettleser med help.start(). I de fleste øvingene vil de funskjoner vi har behov for være gitt i oppgaveteksten.

Appendiks C i Dalgaard gir en god oversikt over et mindre utvalg av mye brukte funksjoner. En kan også søke etter funksjoner relatert til bestemte tema ved hjelp av funksjonene help.search("regression") eller apropos("test").

Installasjon av tilleggspakker (packages) i egen hjemmekatalog

Over tusen tilleggspakker er tilgjengelig for R, se CRAN speilet ved UiB. Bl.a. har Dalgaard har laget en pakken "ISwR" som inneholder en del datasett. Prøv først å installere f.eks. denne pakken ved å skrive

install.packages("ISwR")

Hvis dette fungerer uten noen feilmelding kan du laste pakken inn i R ved å skrive library(ISwR). Begge deler kan også gjøres fra menyen.

Hvis du får en feilmelding skyldes dette antakelig at R ikke er helt riktig satt opp slik R forsøker å installere pakken til en katalog hvor du ikke har skriverettigheter. For å komme rundt dette gjøre følgende.

  1. Opprett en katalog på ditt hjemmeområdet, f.eks. "z:\rpakker".
  2. Installer en pakke til denne katalogen ved å skrive install.packages("ISwR",lib="z:/rpakker) (merk at du må ha foroverskråstrek.
  3. Last pakken inn i R ved å skrive library(ISwR,lib="z:/rpakker") (igjen, merk at det skal være foroverskråstrek).

Gi tilbakemelding på om dette fungerer eller ikke.

2011-01-27, Jarle Tufto