Generellt om øvingene og bruk av R.
Konfigurasjon av R
For å utnytte arbeidsflaten i Windows bedre foretrekker jeg å endre på følgende innstilling i brukergrensesnittet. Velg "Edit/GUI preferences…" fra menyen, og velg "SDI" under øverste punkt "Single or multiple windows", trykk "Save" to ganger, "ok" to ganger. Start så R på nytt.
Arbeidsflyt
Når du jobber med øvingene er det ofte hensiktsmessig å først eksperimentere interaktivt i R sitt kommando-vindu. Hensikten med dette er å oppnå forståelse av virkemåten til de funksjoner du trenger å bruke. Du kan bla deg fram og tilbake i kommando-historien ved hjelp av piltastene. Tab-tasten auto-kompletterer navn på objektet du er i ferd med å skrive navnet på.
Etterhvert som du finner ut hvordan du gjør ting legger du så de kommandoene som løser oppgaven inn i et såkalt skript (i et eget vindu som åpnes ved å velge "File/New script" fra menyen). Du kan så utføre enkeltlinjer i skriptet (Ctrl-R), flere linjer (marker først med shift+piltaster, så Ctrl-R) eller skriptet i sin helhet ("Edit/Run all" fra menyen). Dette gjør det enkelt å regenerere f.eks. en komplisert figur eller en komplisert beregning/analyse dersom du oppdager at en liten detalj bør utføres på en litt annen måte.
Innholdet i dette skript-vinduet bør lagres i en fil slik at du kan jobbe videre med en gitt oppgave på et senere tidspunkt om du ikke blir ferdig. Legg inn forklarende kommantarer etter kommentartegnet "#" slik at du senere selv kan forstå hva du har gjort.
Det er også hensiktsmessig å organisere filene som tilhører ulike prosjekt (slike R-skript, rapporter, figurer etc..) i ulike kataloger, f.eks. kan alle filer tilknyttet øving 1 legges i katalogen "m:/st2304/øvinger/øving-1
".
For å lagre innholdet av R sitt workspace til denne katalogen før du avslutter R, må du sette "working directory" til denne katalogen v.h.a. kommandoen "setwd(m:/st2304/øvinger/øving-1")
" før du avslutter R eller før du lagrer workspacet (v.h.a. save.image()
).
Du kan så laste inne dette workspacet senere ved å bla deg fram til denne katalogen i filbehandleren i windows og så dobbeltklikke på "R Workspace", alternativt ved å starte R på vanlig måte, så "setwd(m:/st2304/øvinger/øving-1")
" og så "load.image(".Rdata")
". Lagring og innlasting av R sitt workspace er også tilgjengelige via menyen i R.
Besvarelsen
Besvarelsen på hver oppgave i øvingen bør bestå av et i sin helhet kjørbart skript (som et tillegg sist i besvarelsen), samt selve besvarelsen skrevet i f.eks. OpenOffice, MS-Word, LaTeX e.l. inkludert figurer og eventuell interessant output fra R-vinduet.
R sitt hjelpesystem
Søk hjelp enten ?funksjonsnavn
eller ved å
starte hjelp i nettleser med help.start()
. I de fleste øvingene vil de funskjoner vi har behov for være gitt i oppgaveteksten.
Appendiks C i Dalgaard gir en god oversikt over et mindre utvalg av mye brukte funksjoner. En kan også søke etter funksjoner relatert til bestemte tema ved hjelp av funksjonene help.search("regression")
eller apropos("test")
.
Installasjon av tilleggspakker (packages) i egen hjemmekatalog
Over tusen tilleggspakker er tilgjengelig for R, se CRAN speilet ved UiB. Bl.a. har Dalgaard har laget en pakken "ISwR" som inneholder en del datasett. Prøv først å installere f.eks. denne pakken ved å skrive
install.packages("ISwR")
Hvis dette fungerer uten noen feilmelding kan du laste pakken inn i R ved å skrive library(ISwR)
. Begge deler kan også gjøres fra menyen.
Hvis du får en feilmelding skyldes dette antakelig at R ikke er helt riktig satt opp slik R forsøker å installere pakken til en katalog hvor du ikke har skriverettigheter. For å komme rundt dette gjøre følgende.
- Opprett en katalog på ditt hjemmeområdet, f.eks. "z:\rpakker".
- Installer en pakke til denne katalogen ved å skrive
install.packages("ISwR",lib="z:/rpakker)
(merk at du må ha foroverskråstrek. - Last pakken inn i R ved å skrive
library(ISwR,lib="z:/rpakker")
(igjen, merk at det skal være foroverskråstrek).
Gi tilbakemelding på om dette fungerer eller ikke.