ST2301 Matematisk evolusjonær genetikk 2010
Kursbeskrivelse finnes i studiehåndboka.
Messages
- June 3: Grades on the exam: 10000:C, 10001:B, 10004:B, 10005:E, 10006:D, 10007:A, 10008:C, 10009:D.
- May 27: Why evolution is true.
- May 25: Solutions to most of the exercises can be found here.
- April 20: I have reserved room 822 in Sentralbygg II on monday May 31 between 9:15 and 15:00 for questions before the exam on June 1.
- March 23: There will be an extra lecture in room 822 in Sentralbygg II, on thursday, march 25, at 12:15-14:00
- 20.january. There is an "Inn"- og "Ut"-box for the exercises in Nordre Lavblokk (the building between Sentralbygg I og II). Entrance from the third floor in Sentralbygg II, then walk across the "bridge", the two cardboard boxes are opposite of the door when you enter Norde Lavblokk.
- 19.january. Since some of you prefer to have the lectures given in english and this seems to be in agreement with NTNU's language policy, all lectures will be given in english from now on.
- 19.januar. Første øving i morgen kl 16.
- 7.januar. Første forelesning blir tirsdag 12. januar, kl 12:15 i F3.
Tid og sted
| Dag | Tid | Sted | |
|---|---|---|---|
| Forelesning | Tirsdag | 12:15-14:00 | F3 |
| Øving | Onsdag | 16.15-18.00 | F4 |
Foreleser: Jarle Tufto
Øvingslærer: Jisca Huisman
Om kurset
Kurset bygger på ST0103 Brukerkurs i statistikk, brukerkursene i matematikk og MOL4010 Molekylærbiologi for teknologer eller tilsvarende. Kurset inngår i bachelorprogrammet i biomatematikk men vil også kunne være interessant for biologer og andre som ønsker en mer inngående innføring i matematiske modeller som brukes i populasjonsgenetikk og evolusjonsbiologi. Det legges ved på å utvikle studentenes ferdigheter i å gjennomføre ressonementer ved hjelp av matematiske modeller.
Materiell
Vi kommer til å bruke (deler av) denne: Joe Felsenstein (2009): Theoretical Evolutionary Genetics. Innbundne kopier av denne kan kjøpes (til selvkost etter avtale med forfatteren) på mitt kontor (1232, SII) for 130kr. Boka kan lastes ned fra nettet i pdf-format under visse betingelser. Dette anbefales dersom du ønsker å se nærmere på det konkrete innholdet i kurset før kurset starter.
Her er en ordliste i pdf-format over noen av begrepene vi trenger i kurset.
Her er en større ordliste på web.
Forelesninger, øvinger og pensum (foreløpig)
Stoffet nedenfor og øvingene vil være pensum.
6 av 12 øvinger må være godkjent for å kunne gå opp til eksamen. Det er viktig å regne på øvingene parallelt med forelesningene fram mot øvingstimen. Leveringsfristen på øvingene er neste øvingstime.
| Forelesninger | Øvinger | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Nr | Uke | Kap | Tema | Nr | Dato | Oppgaver | |
| 1 | 2 | I | Innledning, aseksulle populasjoner, Hardy-Weinbergloven i haploide og diploide populasjoner (I.1-I.3) | ||||
| 2 | I | Multiple allel, overlappende generasjoner, forskjellige genfrekvenser i hvert kjønn (I.4-I.6). | |||||
| 3 | 3 | I | Kjønnskobling, kobling, koblingsulikevekt (I.7-I.8). | 1 | 19.01.09 | Kap. I: Ex. 1, 2, 3, 4, 5. | |
| 4 | I | Mappingfunksjoner. Exercise. 9, Compl. 13. | |||||
| 5 | 4 | I | Estimering av genfrekvenser, EM-algoritmen (R-kode) (I.9). | 2 | 26.01.09 | Kap I: Ex. 6, 7, 8, 10, Compl. 3. | |
| 6 | I | Estimering av koblingsulikevekt (R-kode). Hypotesetesting (I.10). | |||||
| 7 | 5 | II | Aseksuelle populasjoner (II.1-II.2) | 3 | 02.02.09 | Kap I: Ex. 11, 12, 13, 14. Oppgave, EM-algoritmen (in english) | |
| 8 | II | Aseksuelle populasjoner, kontinuerlig tid (II.3). Seleksjon i diploide populasjoner (II.4). | |||||
| 9 | 6 | II | Forandring i genfrekvens over tid (II.5). Over- og underdominans (II.6). | 4 | 09.02.09 | Kap I: Compl. 2, 10, 11. Kap II: Ex. 1, 3. | |
| 10 | II | Effekt av seleksjon på gjennomsnittlig relativ fitness (II.7). Multiple allel (II.8). | |||||
| 11 | 7 | II | Frekvensavhengig seleksjon i haploid modell (II.11). Kin-seleksjon (II.12). | 5 | 16.02.09 | Kap II: Ex. 4, 6, 7, 9, Compl. 4. | |
| 12 | II | Exercise 17, kap II (frekvensavhengig seleksjon på selvinkompatibilitetslocus hos planter) (R kode). | |||||
| 13 | 8 | III | Endring i genfrekvens som følge av mutasjon, mutasjon-seleksjonsbalanse (III.1-III-4). | 6 | 23.02.09 | Kap II: Ex. 10, 11, Compl. 9. | |
| 14 | III | Mutasjon-seleksjonsbalanse for recessive og delvis dominante gener (III.5). Mutational load (III.6). Effekter på koblingslikevekt (III.7-III.8). | |||||
| 15 | 9 | IV | Effekt av migrasjon på genfrekvenser, Wahlund-effekten, migrasjon og koblingsulikevekt (IV.1-IV.3). | 7 | 02.03.09 | Kap III: Ex. 1, 3, 4, 7. Compl. 8, 11. | |
| 16 | IV | Øymodeller, generell migrasjonsmatrisemodell (IV.5-IV.7) | |||||
| 17 | 10 | IV | Seleksjon og migrasjon (IV.8) Migrasjon-seleksjonsbalanse i symmetrisk to-populasjonsmodell (IV.9). | 8 | 10.03.09 | Kap IV: Ex. 1, 2, 3, 5, Compl 2. Ekstra oppgave (in english) | |
| 18 | IV | Gradienter (IV.11). Bølgefronter (IV.12). Løsning av homogene og inhomogene differensligninger. | |||||
| 19 | 11 | V | Identitet i opphav (identity by descent), beregning av innavlskoeffisienter fra kjente stamtre for autosomale og kjønnskoblede loci (V.1-V.5). | Ingen øving | |||
| 20 | V | Slektskapskoeffisienter, slektskapsmatriser ( V.6, V.8-V.9) | |||||
| 21 | 12 | V VI | Innavl og fitness (V.13) Endelig populasjonsstørrelse, genetisk drift (VI.1-VI.4) | 9 | 24.3 | Kap V: Ex. 1,2, 4, 5, Compl. 7. Kongeoppgave. | |
| 22 | VI VII | Effektiv populasjonsstørrelse varians i antall avkom (VI.5-VI.6, side 209 tas ikke med). Drift-migrasjonsbalanse (VII.4). | |||||
| Påskeferie | |||||||
| 14 | Påskeferie | 10 | 7.4 | Kap V: Kap I: Compl. 14 | |||
| 23 | 15 | IX | Kvantitative trekk (IX.1-IX.3). Dekomposisjon av genotypiske verdier,additiv og dominans-varians, kovarians mellom slektninger(IX.4-IX.5). | 11 | 14.4 | Kap VI: Ex. 1, 2, 5, 7, 10, 11, 12. | |
| 24 | IX | Estimering av varianskomponenter. Respons til seleksjon fram til "effects at a single locus" (X.6-IX.9). | |||||
| 25 | 16 | Oppsummering og eksamenstips | 12 | 21.4 | Kap VII: 4. Kap IX: Ex. 1, 2, 5, 12, 13, 14 (14 viser til oppgave 12 og 13), Compl 9. | ||
| 26 | Spørretime | ||||||
| Eksamen | |||||||
Eksamen
Tirsdag 1. juni. 4 timer skriftlig. Alle trykte og skrevne hjelpemidler samt kalkulator (enkel type) blir tillatt.
Oppgavene vil ha omkring samme form som på øvingene (regneoppgaver). Vær oppmerksom på at det normalt ikke trekkes for følgefeil (feil i en deloppgave som følge av feil i foregående deloppgave) så lenge det ellers er regnet riktig. Svar skal begrunnes blant annet fordi det da vil kunne gis en del uttelling for selve begrunnelsen ved mindre regnefeil. Skriv gjerne med blyant.
Gamle eksamensoppgaver:
Høst 2004: Oppgaver. Løsningsforslag
Høst 2005: Oppgaver. Løsningsforslag
Høst 2006: Oppgaver.
Høst 2007: Oppgaver. Løsningsforslag